При подготовке высококвалифицированных инженеров, которые в будущем должны стать разработчиками и исследователями новой техники и новых технологий, важнейшей составляющей является научная работа вуза, которую проводят ученые, преподаватели и научные сотрудники кафедр. Уровень проведения научных исследований определяет качество и результат учебной работы.

Взаимосвязь теоретических методов обучения с практической подготовкой является в МГТУ им. Н.Э. Баумана основой для подготовки специалистов для самых передовых областей науки и техники. Научно-исследовательские институты и лаборатории Университета создавались и функционируют в рамках направлений подготовки инженерных и научных кадров, а соединение науки и обучения является основным принципом подготовки инженерных кадров в МГТУ им. Н.Э. Баумана.

Кафедры филиала ведут научные исследования по всем направлениям подготовки специалистов в рамках фундаментальных, опытно-конструкторских и прикладных работ. Заказчиками выступают академические НИИ, государственные фонды исследований (РФФИ, РГНФ, Минобразования и др.), промышленные предприятия нашего региона.

Основные научные направления:

1) Теоретические основы сварки. – Руководитель Царьков А.В. д.т.н., профессор, директор филиала, зав. кафедрой «Технологии сварки». По направлениям:

• Технологическая прочность.
• Нанесение слоев с особыми свойствами.
• Исследования макро и микроструктуры сварных соединений.

2) Разработка методов и средств для диагностики и модификации изделий микроэлектроники и микросистемной техники. - Руководитель Столяров А.А. д.т.н., профессор, зав. кафедрой «Конструирование и производство электронной аппаратуры», зам. директора по НИР, действительный член Российской Академии естественных наук.

3) Руководитель направлений Косушкин В.Г. д.т.н., профессор, зав. кафедрой «Материаловедение»:

• Наноинженерия в получении новых материалов.
• Надёжность работы микроэлектромеханических устройств.
• Методы моделирования технологических процессов наноинженерии.

4) Руководитель направлений Коржавый А.П. – д.т.н., профессор, зав. кафедрой «Промышленная экология», лауреат Государственной премии СССР в области науки и техники 1981г. и лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники 2003 г.:

• Лазерные и магнитные методы воздействия на жидкие среды с целью очистки их от вредных и опасных загрязнителей.
• Лазерно-магнитная водоподготовка в сфере ЖКХ и промышленности; Очистка загрязненных сточных вод с использованием высших водных растений в малых открытых водоемах.
• Очистка сточных вод от ионов тяжелых металлов на промышленных предприятиях и в производствах по переработки сельхозпродукции.
• Создание и внедрение биоинженерных сооружений при переработке и ликвидации различных отходов и приполигонной их утилизации.
• Проведение фундаментальных исследований с применением анализатора нуклеиновых кислот АНК-16 с целью разработки технологии микробиологической переработки ТБО и получения биотоплива.
• Применение технологии биодеградации с использованием высокопродуктивных микроорганизмов для переработки отходов пищевой промышленности с получением полезных побочных продуктов.
• Разработка и исследование свойств нано-порошков и нано-пленок для современных миниатюрных и малогабаритных приборов. 
• Создание экологически безопасных материалов и технологий их производства для современных отраслей промышленности: электротехника, радиотехника, автомобиле- и машиностроения, не уступающим по параметрам аналогам на основе вредных и опасных веществ.

5) Исследование, синтез и оптимизация сложных систем автоматического управления: фундаментальные положения, инженерная база, алгоритмическое обеспечение, приложения в научно-технической сфере. - Руководители Егупов Н.Д., д.т.н., профессор, Заслуженный деятель науки Российской Федерации, зав. кафедрой «Системы автоматического управления», Корнюшин Ю. П., д.т.н., профессор кафедры «Системы автоматического управления».

6) Разработка ресурсосберегающей технологии получения биоэлектричества с использованием органических субстратов. - Руководитель Кусачева С.А., к.б.н., доцент кафедры «Промышленная экология».

7) Разработка энергокомплексов с высокотемпературными паротурбинными установками, высокоэффективными насосами, оптимизацией аппаратов воздушного охлаждения, виброакустическими исследованиями энергооборудования, созданием специализированных программных комплексов и др. - Руководитель Жинов А.А., к.т.н., доцент, зав. кафедрой «Тепловые двигатели и теплофизика». 

Результаты научных исследований ежегодно представляются на российских научно-технических конференциях, в «Трудах МГТУ», во многих российских и зарубежных научных журналах (Англия, Франция, Дания, ФРГ и др.). На международном инвестиционном Форуме (Москва, февраль 2004 г.) были представлены 6 проектов (технологические процессы, образцы) и получены: золотая, серебряная медали и дипломы.

Коллективом авторов под руководством проф. Егупова Н.Д. подготовлен и издается четырехтомник учебника для ВУЗов по теории автоматического управления.